为了救神谷薰（武井咲 饰），绯村剑心（佐藤健 饰）纵身跃进年夜海，昏倒中他飘到某座小岛，终究为教授了他飞天御剑流的师父比古清十郎（福山雅治 饰）所救。深感应本身与志志雄真实（藤原龙也 饰）的庞大差距，为了解救全日本，剑心恳请师傅教授他飞天御剑流的最高奥义。与此同时，志志雄剑指东京，迈出武力夺国的下一步。他逼迫伊藤博文（小泽征悦 饰）对刽子手拔刀斋发布全国通缉令，得知动静的薰、左之助（青木高尚 饰）则仓促向东京赶往。再度上路的剑心率先遭到御庭番众的首级四乃森苍紫（伊势谷友介 饰）的阻击，他一路披荆棘，将迎来与宿命的敌手志志雄终究的对决……本片按照和月伸宏的同名经典漫画改编。

他们来了我们受到了惩罚，但我们在这个位置必须更加冷静和沉着。